O ano de 1906 teve um grande marco da história da educação no Piauí quando o 1º Bispo Dom Joaquim Antonio D'Almeida resolveu fundar o Colégio e Seminário Diocesano.

Instalado inicialmente em prédio alugado à praça Saraiva, teve a sua primeira administração constituída por Pe. Bianor Emílio aranha (Reitor), Pe. Ernesto Vasconcelos (Vice-Reitor e Ecônomo) e Pe. Clarindo Lopes Ribeiro (Diretor Espiritual), passando a funcionar do dia 25 de março, até o ano de 1914.

No governo de Dom Otaviano Pereira de Albuquerque, 2º Bispo do Piauí, o Colégio foi fechado, uma vez que os poucos recursos dificultavam o seu funcionamento.

Ao tomar esta decisão, Dom Otaviano passou a residir no prédio, deu prosseguimento às obras de conclusão da fachada, sob a orientação do Engenheiro João Faustino. Mandou colocar o seu brasão de armas na fachada do prédio e, novamente, o destinou ao Colégio Diocesano.

Dom Severino Vieira de Melo, 3º Bispo do Piauí, ao assumir o seu governo no dia 23 de fevereiro de 1924, teve como uma das suas metas principais a reabertura do Colégio o que fez acontecer no dia 1º de fevereiro de 1925, já com o nome de Colégio São Francisco de Sales, funcionando em regime de internato, semininternato e externato.

Para administrar o Colégio, Dom Severino designou os Reverendos Mons. Constantino Bozon, como Diretor e Pe. Zaul Pedreira, como Vice-Diretor.

Em 1931, a primeira turma chegava à conclusão do Curso Ginasial. Em 1932 recebeu Inspeção Preliminar, em 1945 Inspeção Permanente, através do Decreto nº 18.295 de 5 de abril. No ano de 1945, foram instalados os Cursos Científico e Clássico e, por fim a Escola Técnica de Comércio, em 1946, que formou a primeira turma de contabilistas em 1951, na administração do Pe. Alberto de Freitas Santos.

No começo dos anos 40, um grupo de alunos, com o objetivo de criar um espaço de comunicação articulação entre os mesmos, fundou a revista Gente Nova e, em 1945, foi iniciada a veiculação do jornal Gente Nova - órgão do Grêmio Lítero - Musical "Monsenhor Constantino Bozon", que tinha como diretor José de Ribamar Pacheco.

No período de abril de 1954 a setembro de 1959, o Colégio foi administrado por Pe. Deusdedit Craveiro (último diretor diocesano), que decidiu encerrar com o regime de internato e semi-internato.

O Colégio mantinha uma farda modelo militar com duas listras paralelas nas pernas da calça para os alunos internaos e uma listra larga para os alunos semi-internos. Com o movimento de mudança nas fardas dos colégios de Teresina, Pe. Deusdedit, a pedido dos alunos, também resolveu aderir ao movimento e adotar farda calça cáqui e blusa branca de mangas curtas.

De outubro de 1959 até o início de 1960, o Colégio Diocesano teve o seu primeiro diretor leigo o Prof. Bernardo Lopes de Sousa, que administrou o Colégio no período de transição até a chegada dos Padres Jesuítas em 1960.

Durante o período em que o Colégio foi administrado pela Diocese de Teresina, registra-se a passagem de onze diretores, a contar da data de sua reabertura, sendo dez padres diocesanos e um leigo, a saber:

Mons. Constantino Bozon e Lima, Pe. Joaquim Nonato Gomes, Mons. Cícero Portala Nunes, Pe. Joaquim Raimundo Ferreira Chaves, Pe. Paulo Hipólito de Sousa Libório, Pe. Antonio José do Rego, Pe. Leucílio Nunes, Pe. Alberto de Freitas Santos, Pe. José Isaías de Arêa Almeida, Pe. Deusdedith Craveiro de Melo, Prof. Bernardo Lopes.